La UDMSM articula su funcionamiento conforme al artículo 7 del nuevo RD 183/2008 con una única Comisión Docente Multiprofesional (CDM) y tres Subcomisiones, una para cada una de las especialidades (psiquiatría, psicología clínica y enfermería de salud mental).
La Comisión Docente Multiprofesional es un órgano docente de carácter colegiado que, de modo general, organiza la formación, supervisa su aplicación práctica y controla el cumplimiento de los objetivos previstos en los programas formativos de cada una de las especialidades incluidas en Salud Mental. Asimismo, facilita la integración de las actividades formativas con la actividad asistencial de los residentes.
La comisión de docencia es de ámbito regional y su presidencia corresponde al Jefe de Estudios. Se compone de un máximo de 20 vocales en representación del conjunto de tutores y residentes. Esta comisión está constituida por:
Junto con la comisión de docencia se constituyen tres subcomisiones específicas de: Psiquiatría, Psicología Clínica y Enfermería de Salud Mental con la misión de coordinar la formación de dichos especialistas cuando así se requiera.