La coordinación del Programa de Salud Bucodental depende depende del Servicio Murciano de Salud que es el órgano encargado de la planificación, seguimiento, coordinación y evaluación del programa. La financiación depende del Servicio Murciano de Salud.
El Colegio Oficial de Dentistas de la Región de Murcia actúa como eslabón entre la Coordinación del Programa en relación con los dentistas del sector privado y es el cajero pagador de estos profesionales.