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Los estudios identificados sobre farmacogenética de la paroxetina describen mayor tasa o gravedad de determinados efectos secundarios asociados a polimorfismos,  fundamentalmente del gen que regula el citocromo P450 2D6 (CYP2D6), pero no se ha identificado ningún estudio que evalúe la efectividad (en términos de salud) para guiar la prescripción de paroxetina en base a los resultados de una prueba de farmacogenética. No se ha encontrado ninguna guía de práctica clínica, ni sumario de evidencia (de cuadro depresivo, de otros trastornos afectivos o de ansiedad), que contemple una recomendación sobre la indicación de realizar este tipo de pruebas antes de prescribir un psicofármaco.

• Una base de datos que recopila informes de evaluación sobre farmacogenética ("The Pharmacogenomics Knowdlegebase")⁽¹⁾ reúne más de 70 estudios relacionados, pero tan solo indica que tengan una repercusión clínica para paroxetina, los relacionados con la isoenzima CYP2D6, basados en el estudio de los  genotipos del  CYP2D6, y sugieren utilizar un fármaco alternativo para los pacientes que sean ultra metabolizadores. El CYP2D6 es una isoenzima del citocromo 450, el mayor catabolizador de la paroxetina, que es común para muchos fármacos, y del que se han estudiado multiples alelos. La tipificación genética individual, permite  poder clasificar tres categorías individuales: con fenotipo de metabolizadores lentos, en los cuales la enzima codificada carece de actividad; metabolizadores normales, que son portadores de al menos una copia del gen activo; metabolizadores rápidos que tienen duplicado el gen activo; y metabolizadores ultrarrápidos, que tienen multiplicado el gen activo. La tipificación de un paciente puede ser de interés, en dos casos: para  no recomendar el tratamiento con paroxetina en los metabolizadores ultrarrápidos y también para tener en cuenta  las interacciones con otros fármacos también catabolizados por la misma isoenzima  CYP2D6, que al saturar la misma, puede provocar reacciones adversas.
• En la anterior recopilación se cita como referencia una guía para el uso de la farmacogenética⁽²⁾ que clasifica los fármacos, según el nivel de evidencia, en cuatro categorías correspondiendo a la 4 el máximo nivel, calificado como de buena calidad (estudios publicados en pacientes y voluntarios sanos de fenotipos y/o genotipos con observaciones  en farmacocinética o resultados clínicos). En ella clasifica los estudios sobre farmacogenética de la paroxetina en el nivel 4 y cita 12 estudios en la bibliografía.
• Otras  vías de estudio menos avanzadas y sin aplicación clínica por el momento a la paroxetina, son  la de genes de proteínas receptoras de membrana  y transportadoras de fármacos (p. ej. DRD4, 5-HT2A, etc.). Los transportadores de membrana determinan la absorción, distribución y eliminación de muchos de los  fármacos más  utilizados, habiendo experimentado en la última década un  crecimiento enorme. La variación genética de estos transportadores,  en un órgano de eliminación de un fármaco como el hígado y el riñón,  afecta la concentración de fármaco en la circulación de sangre y también  puede alterar la concentración local en los sitios de objetivo independientemente de la  concentración en plasma. Los  estudios genómicos y clínicos funcionales han proporcionado información nueva con respecto a la contribución de variantes de codificación en transportadores en la respuesta a fármacos. En relación con la paroxetina, los más estudiados son los polimorfismos genéticos en los transportadores de serotonina, (SERTPR o 5-HTTLPR), por su relación con las diferencias en la respuesta clinica a los Inhibidores Selectivos de la Recaptación de Serotonina (SSRIs).  El 5-HTTPR es codificado por un único gen en el cromosoma 17q11.2. Los polimorfismos de las formas cortas y largas de la región promotora del gen afectan a la expresión y función del transportador. En el campo de la depresión se ha observado, en pacientes depresivos psicóticos, una variación alélica en la zona promotora del gen del transportador de 5-HTTPR.  Recientemente se ha constatado que la ausencia de la forma alélica l/l en intrón 2 del gen 5-HTTPR predice una ausencia de respuesta (83,3%) para los Inhibidores Selectivos de la Recaptación de Serotonina o ISRS (fluoxetina y paroxetina). ^(3-7)
• El sumario de evidencia de Uptodate sobre farmacogenética⁽⁸⁾ expone la situación sobre la utilización de los test farmacogenéticos. Afirma  que, a pesar de la información que, sobre el uso de los mismos proporciona la FDA,  los fármacos individualizados según farmacogenética no son de uso rutinario. Entre las razones que aduce, señala que “los estudios sobre farmacogenética son limitados y no existen ensayos  prospectivos aleatorios  que demuestren las ventajas clínicas que podrían obtenerse seleccionando las dosis ajustadas en relación con el genoma".
• Una revisión narrativa sobre farmacogenética en psiquiatría ⁽⁹⁾, concluye que “no existe a día de hoy ningún estudio que haya investigado si el ajuste de dosis clínicas de acuerdo con el perfil genético del paciente se traduce en una disminución de efectos secundarios y en una mejora global en la respuesta al tratamiento”. "De la misma manera, ningún estudio prospectivo ha demostrado que el uso de tests de predicción farmacogenéticos influya positivamente en el nivel de eficacia del tratamiento medido en función de la reducción del tiempo medio de estancia en el hospital, el grado de mejora significativa de la funcionalidad del paciente, etc. Existe, por tanto, una falta de evidencia empírica acerca de la utilidad real de la información farmacogenética en el contexto clínico. Sin un ensayo prospectivo que demuestre los beneficios clínicos y económicos de usar la información genética para ayudar a seleccionar el fármaco y las dosis más adecuadas, los clínicos están en lo cierto al dudar de los beneficios inmediatos de la farmacogenética. La afluencia de tests o kits comerciales que ofrecen información genética, a veces de discutible validez en el ámbito clínico, refuerza la necesidad de llevar a cabo estudios de validación prospectivos”.