La información contenida en los documentos consultados, indican que la técnica de elección para descartar infección por Neisseria gonorrhoeae (NG), Chlamydia trachomatis (CT) y Trichomonas vaginalis (TV), es la técnica de amplificación de ácidos nucleicos (NAAT, por sus siglas en inglés), y que el exudado/hisopado vaginal es la muestra urogenital de elección en la mujer, ya que presenta mayor sensibilidad que la orina para detectar la presencia de estos tres microorganismos.
Los Sumarios de Evidencia (SE) consultados(1-6) sobre cervicitis y sobre manejo de estas tres infecciones de transmisión sexual (ITS), indican que la prueba diagnóstica de elección es la NAAT, y el tipo de muestra preferida para mujeres son los hisopos vaginales. El autor del SE de UpToDate sobre cervicitis aguda(4) sugiere la evaluación rutinaria a todas las mujeres con sospecha de cervicitis para detectar NG, CT y TV mediante NAAT.
La Guía de Práctica Clínica (GPC) de los Centers for Disease Control and Prevention(CDC)(7) sobre ITS, la Guia de la Organización Mundial de la Salud(8) y la Guía sobre diagnóstico y tratamiento de las ITS en adultos, niños y adolescentes elaborada por el Ministerio de Sanidad y la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC)(9) actualizada en Abril 2026, señalan que en caso de sospecha de CT, NG y TV la técnica diagnóstica de elección es NAAT y el tipo de muestra que se prefiere es el frotis vaginal o endocervical, ya que es más sensible que la muestra de orina. Según estos documentos, la sensibilidad de NAAT en muestras de orina puede ser hasta un 10% inferior que en las muestras vaginales.
Tanto en los SE como en las GPC, se menciona que la muetra de hisopado vaginal autoadministrada por la propia mujer tiene una tasa de detección similar mediante NAAT, a la de un hisopado endocervical obtenido por un profesional sanitario.
La GPC de la SEIMC(9) menciona que aunque en mujeres cis el hisopo vaginal es el tipo de muestra de elección más sensible, en caso de usar una muestra de orina, esta puede ser el primer chorro miccional de la mañana o al menos haber estado sin orinar en las 2-4h previas a la recogida de la muestra.
Un metaanálisis publicado en 2023(10) cuyo objetivo fue sintetizar la evidencia sobre la sensibilidad diagnóstica de las diferentes pruebas NAAT disponibles en el mercado, para hisopos vaginales femeninos frente a muestras de orina, para identificar CT, NG y TV, incluyó 28 estudios con 30 comparaciones para CT, 16 comparaciones para NG y 9 comparaciones para TV. Según los resultados de este metaanálisis, las estimaciones de sensibilidad combinadas para CT fueron 94,1 % (Intervalo de Confianza [IC] del 95 %, 93,2 %-94,9 %) para los hisopados vaginales y 86,9 % (IC del 95 %, 85,6 %-88,0 %) para las muestras de orina ( P < 0,001). La Odds Ratio (OR) de que la diferencia fue a favor de los hisopados vaginales fue 2,69 (IC del 95 %, 2,21-3,28), P < 0,001 para CT. En el caso de NG, las estimaciones de sensibilidad combinadas fueron del 96,5 % (IC del 95 %, 94,8 %-97,7 %) para los hisopos vaginales y del 90,7 % (IC del 95 %, 88,4 %-92,5 %) para las muestras de orina ( p < 0,001). El OR de que los hisopos vaginales fueran más sensibles que la orina para la detección de NG fue de 3,68 (IC del 95 %, 2,19-6,18), p < 0,001. Para TV las estimaciones de sensibilidad combinadas fueron del 98,0 % (IC del 95 %, 97,0 %-98,7 %) para los hisopos vaginales y del 95,1 % (IC del 95 %, 93,6 %-96,3 %) para las muestras de orina (p < 0,001). La diferencia en la sensibilidad para los dos tipos de muestras para TV no fue estadísticamente significativa con un OR de 2,48 (IC del 95 %, 1,50-4,08), p = 0,15. Ante estos resultados los autores concluyen que los hisopos vaginales son el tipo de muestra óptimo para las mujeres que se someten a pruebas de CT, NG y TV.
Como dato adicional, mencionar que en los estudios incluidos se consideraba una recogida adecuada de la orina la obtenida de la primera parte de la micción tras una hora sin orinar.
